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          [允英學術成果]基于胸水樣本的高通量測序在中國肺癌患者中的重要臨床價值
          發布時間: 2020-4-8 10:00:38


          導讀


          惡性胸腔積液(MPE)是晚期肺癌患者較為常見的并發癥之一。臨床上,約在50%的晚期NSCLC患者中發生,其中在肺腺癌患者中最為常見。肺癌的基因檢測改變了晚期非小細胞肺癌(NSCLC)患者的治療和管理模式,但是部分晚期腫瘤患者較難獲取足夠的組織用于分子檢測,而這時侵入性較小的液體活檢則是一個非常好的替代手段。隨著分子檢測技術的重大突破,科學家們已經可以用多種液體活檢媒介進行基因組信息的探索和研究,其中就包含惡性胸腔積液。


          江蘇省常州市第二人民醫院呼吸與危重癥科 楊明夏主任允英醫療合作,利用允英肺癌靶向套餐NGS Panel23對108例肺癌患者胸水沉淀樣本進行了基因檢測分析,基于允英自主研發具有更高捕獲效率的AllNGS?技術,揭示胸水樣本作為液體活檢媒介,可以提供具有代表性的腫瘤基因組信息。相關研究成果在ONCOLOGY LETTERS上發表。




          ● 研究人群 ●

          研究共納入了2017年12月至2018年7月期間共108例晚期非小細胞肺癌患者的胸腔積液樣本;其中腺癌患者占60.1%。




          ● 研究結果 


          1、108例患者腫瘤基因組變異情況

          研究在93例(86%)患者檢測到EGFR突變,其中28例(30%)檢測到 19號外顯子缺失突變,33例(35.5%)檢測到 L858R突變及L861Q突變,7例(7.5%)患者檢測到T790M突變,其中包含一例T790M與C797S順式突變。




          6例(5.6%)患者檢測到ALK-EML4融合,另外檢測到1例患者攜帶ROS1-CD74融合;以及2例患者攜帶HER2 M774_A775insAYVM突變。從結果看,提示超過60%的肺癌患者通過胸水樣本分子檢測可以指導后續靶向治療。


          同時,在108例患者中,檢測到KRAS,AKT1,BRAF,TP53,PIK3CA,DDR等基因突變,為肺癌靶向治療藥物開發提供了研究基礎。




          2、不同性別腫瘤基因組變異情況


          根據以往研究,EGFR突變偏向發生于不吸煙的女性患者中。本研究按照入組患者性別分成兩組進行基因突變統計。去除一例胸水樣本缺少性別信息外,51位男性和56位女性患者的突變信息如下圖所示。在ERBB2,EGFR 18號外顯子突變,ALK融合,ROS1融合以及PIK3CA突變來看,女性患者的突變率高于男性患者。而在EGFR 21號外顯子,BIM 2903bp缺失,TP53以及BRAF突變中,男性患者的突變率要高于女性患者。對于EGFR 已明確突變位點,女性患者(64.3%)突變率高于男性(50.9%)。





          3、不同年齡段腫瘤基因組變異情況


          不同年齡階段的肺癌患者在驅動基因突變頻率上是否有差異?本研究則探索了不同年齡階段基因突變情況。下圖顯示了不同年齡的突變分布情況。


          結果表明,某些基因突變率隨年齡的增長而增加,包括ERBB2熱點突變,PIK3CA熱點突變,BRAF熱點突變,EGFR 18外顯子突變,EGFR 21外顯子突變,PTEN突變,FGFR1其他突變,BIM突變,KRAS突變。相反,其他突變率則隨著年齡的增長而降低,例如PIK3CA突變,EGFR外顯子20熱點突變和ROS1融合。而其他基因,其突變率和年齡沒有觀察到顯著差異。



          ● 討論 ●

          研究發現,胸水樣本作為液體活檢新媒介,可以提供具有代表性的腫瘤基因組信息,為臨床治療方案制定發揮更多潛在的臨床應用價值。但是液體活檢對于樣本及檢測技術提出了更高要求,以降低假陽性或假陰性結果的出現。


          本研究應用允英自主研發的雜交捕獲技術,提高雜交捕獲效率大于65%,性能優于常規商業試劑盒(安捷倫,羅氏,Illumina)30-50%的捕獲效率;同時保證測序深度及測序數據質量,揭示腫瘤基因組變異情況。




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