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          [允英學術成果]NGS檢測揭示胸腺腫瘤基因突變特點及MSH6單核苷酸變異與TMB的關系
          發布時間: 2020-4-8 10:50:48

          導讀

          胸腺腫瘤是一類比較少見的腫瘤,好發于胸腔的前上縱隔?;陧樸K的化療方案是晚期TET患者的標準治療方案,但是對于鉑類化療進展的患者,后續沒有標準的治療方法。近年來,靶向治療和免疫治療在各類腫瘤領域如火如荼地開展,并獲得了令人驚喜的效果。而胸腺腫瘤由于缺乏分子突變信息從而導致了靶向免疫治療研究進展緩慢。


          近日,上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院 胸外團隊多位專家與允英合作,利用允英NGS Panel 315對55例胸膜上皮腫瘤樣本進行了基因檢測,分析了胸腺腫瘤的腫瘤突變負荷(TMB),微衛星不穩定性(MSI)及全面的分子特征,為該癌種的免疫及靶向治療提供啟示。相關研究成果在CANCER LETTERS(IF=6.508)上發表。


          本研究共納入55例胸腺腫瘤患者,其中包括50例胸腺瘤患者和5例胸腺癌患者;該55位患者均接受了允英NGS Panel 315檢測,同時對TMB和MSI進行了檢測。


          結果顯示該55名胸腺腫瘤患者基因突變主要集中在SNV和indel;在腫瘤相關的12條核心通路中的大多數基因存在著變異可能,其中有4個基因(ARID1A、KMT2C、TGFBR2MAP3K1)插入缺失的頻率在90%以上。TGFBR2、KMT2C、PRKDC、ATR、CHD2、SDHA、KDM5A、CHEK1、MSH6POLE等幾十個基因在不同的熱點位點具有不同頻率的變異。


          其中在50位胸腺瘤患者中,APC通路中5個發生頻率最高的SNV突變基因為EP300(48%),APC(46%),CTNNB1(42%),GNAS(34%)和CDH1(26%)。該5個基因在患者33、34、35、44、13、47、56、20和28中同時發生突變。另外在5位胸腺癌患者中,APC通路中發生頻率最高的基因為APC(60%), AXIN1(60%)以及EP300(60%)。

          另外,在周期凋亡通路,染色質修飾通路,HH通路及DNA損傷控制通路、MAPK通路、TGF-β等通路中,胸腺癌與胸腺瘤均顯示其分子突變信息的差異性。對于KIT基因,在16名(32%)胸腺瘤患者和1名(20%)胸腺癌患者中檢測到了突變。


          同時我們也對這55位患者的TMB及MSI做了檢測。發現胸膜上皮腫瘤不同亞型之間TMB的巨大差異:A型具有最高的TMB;AB型具有最低的TMB,而B1、B1B2、B2、B3以及胸腺癌C型的TMB接近。而MSI的結果則和TMB相反:A型MSI-H比例最低;B3、B1和AB型MSI-H比例最高,B2和B1B2的MSI-H比例接近。同時我們對比了TMB值與MSH6,MLH1,MSH2基因的SNV以及MSH6基因移碼突變,發現有23.6% TMB高的患者同樣存在MSH6 SNV突變,而在TMB低的患者中則有67.3%的患者未檢測到MSH6 SNV突變。



          近年來,人們努力確定胸腺腫瘤的致癌分子機制,預期為指導預后和臨床治療提供新方法。本研究通過NGS Panel 315對胸腺腫瘤相關基因的分析,發現核心通路中存在著高頻變異基因,其可能成為胸腺腫瘤治療的新靶點:在胸腺腫瘤中最常見的是KMT2C突變(包括SNV和移碼插入/缺失),在之后的臨床治療中,可能可以嘗試使用KMT2抑制劑來進行治療。同時,MSH6的單核苷酸變異與腫瘤突變負荷的強相關性可以為胸腺腫瘤的免疫治療的進一步研究提供啟示。

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